Hello !
Ce qui change en cas de licenciement pour inaptitude médicale selon son origine professionnelle (suite à AT ou MP) ou non ce sont les indemnités dues au salarié :
https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F31225
Tel que vous le formulez le cas envisagé n'est pas très crédible : on a l'impression que le licenciement a été prononcé pour inaptitude non professionnelle avant l'entretien au cours duquel l'employeur aurait découvert au contraire l'origine professionnlle de l'inaptitude. Or cet entretien est justement un entretien "préalable" à l'éventuel licenciement (lequel doit être prononcé qq jours plus tard).
Et même si l'employeur après l'entretien avait, malgré cette information, licencié le salarié pour inaptitude d'origine non professionnelle, le licenciement aurait bien eu une cause réelle et sérieuse. Un recours devant les prud'hommes aurait alors porté sur le montant insuffisant de l'indemnité de licenciement et non sur la requalification du licenciement en licenciement sans cause réelle et sérieuse.
A+