Bonjour,
Normalement en plus de l'état-civil la "traçabilité" des cotisations est assurée grâce au numéro de sécurité sociale, donc ça ne devrait pas être trop problématique.
Je pense que dans le cas de votre épouse le plus simple sera de demander l'ajout du prénom usuel à son état-civil :
https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F885
Elle ne pourra pas faire modifier ses anciens bulletins de salaire. Elle aurait dû éviter de faire usage d'un prénom qui n'est pas le sien, mais bon, c'est trop tard.
N'importe quel prénom inscrit à l'état-civil peut être utilisé comme prénom usuel. Plus que pour la retraite, ce qui pourrait poser problème serait que votre épouse doive justifier de son identité. En ajoutant un prénom à son état-civil ce souci disparaîtra.
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Modératrice