Bonjour,
Je ne suis pas juriste, mais je travaille dans l'environnement et connait un peu le sujet.
Le cas des espèces protégées est effet souvent peu traité dans les documents d'urbanisme (avec souvent très peu d'inventaires de terrain dans les zones à urbaniser!), et le droit reste assez flou sur la question.
Il arrive que les avis de la MRAe soulèvent cette question pour des espèces faisant l'objet d'un plan national (ou régional d'actions, mais dans les faits, les PLU passent toujours dans demande de dérogation.
La dérogation est réalisée normalement au maître d'ouvrage du projet et doit être attribuée avant le démarrage du chantier (on imagine que les communes se déchargent sur les opérateurs tels que les industriels ou les lotisseurs, mais qu'en est-il des particuliers? il est rare que lors d'une demande de permis de construire, le maire sollicite une demande de dérogation espèce protégée (ou compensation zone humide d'ailleurs...).
Toutefois, cela évolue: le PLUi du Val d'Amour (Jura)a par exemple pris cette question "à sa charge" en réalisant un dossier loi sur l'eau et une demande de dérogation espèces protégées (
http://www.bourgogne-franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/programme_d_intervention_et_fiches_actions_cle7c3a5d.pdf).
Idem pour un PLU qui impact une plante protégée:
http://www.bourgogne-franche-comte.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/15-002_derogation_gagee_cle0d8b7f.pdf
En effet, il parait logique que la collectivité, qui autorise des projets d'aménagement susceptibles d’impacter des espèces protégées sur son territoire assume ces impacts et les traite (mesures compensatoires) au nom de l'intérêt général. Un privé aura du mal à justifier l'intérêt public majeur de la construction de sa maison devant le CSRPN/CNPN et à chercher des compensations...
Je suis également preneur de réponses sur cette question de la part d'un juriste (règlementation? doctrines? jurisprudence?).
Merci.