Changement de statut -Urgent SVP-

Bonjour,
J’ai signé un CDD de 3 mois (du 04/07//2016 au 30/09/2016) avec mon titre de séjour étudiant qui avait pour date d’échéance le 15/09/2016.
Entre temps j’ai déposé à la préfecture une demande d’APS le 08/08/2016 et l’agent qui m’a reçu m’a informé qu’une fois mon APS accordée, celle-ci prendra effet à partir du jour suivant la date d’échéance de mon ancien titre de séjour étudiant, soit le 16/09/2016. J’ai donc continuer à travailler avec la société jusqu’à la fin du CDD.
A la fin de ce dernier, la société m’a proposé un CDI et m’a convaincu de le signer même si je n’ai pas encore reçu mon APS (malgré que je leur ai bien expliqué la situation). En effet, le responsable RH m’a confirmé que tant que l’APS, une fois obtenue, prendra effet à compter du 16/09/2016 je serai couvert et qu’en plus, pour nous protéger (moi et la société) le CDI prévoira une clause : "Contrat valable sous condition d’obtention du nouveau titre de séjour".
J’ai alors et malheureusement signé le CDI le 01/10/2016 mais à ma grande surprise la préfecture m’a délivré une APS ayant effet à compter du 03/11/2016 et bien-sur pas moyen de la modifier. Je me trouve donc en CDI signé sans aucun titre de séjour valable...
Je ne sais vraiment pas quoi faire... La société continue à me dire que je n’aurai pas de problème pour le CDS tant que j’ai le récépissé de dépôt de ma demande d’APS (un simple reçu de la préfecture avec la date de dépôt mais sans signature ni cachet).
Merci de me faire part de vos conseils dans les plus brefs délais, je suis vraiment dans l’embarras total.
Je reste à votre disposition pour tout complément d’information.
D’avance merci.