Requalification en contrat de travail

Bonjour,

En tant qu'auto entrepreneur j'ai travaillé exclusivement avec une société pendant une période, avant de passer en CDI. J'ai fait cela en connaissance de cause, à savoir que cela pourrait être requalifié en contrat de travail même si j'avais assez de liberté dans mes actions. Cela était fait en bonne entente avec l'employeur, en sachant que j'allais passer en CDI par la suite.

Aujourd'hui je me demande si je pourrais quand même demander une requalification pour percevoir les indemnités, est-ce que je risque quelque chose car en tant que micro entreprise j'ai accepté ces conditions ? Pourrais-je être amené à verser qqch ?

Merci